Não é de hoje que o Pantanal, principalmente em razão da omissão das autoridades, é vítima de queimadas, exploração agropecuária desordenada e pesca predatória, e se isso não bastasse, vê-se agora diante da ameaça da construção de usinas hidrelétricas, que tiram proveito da queda natural entre o Planalto Central do Brasil e a planície onde ele está localizado. Atualmente existem 37 barragens em rios que alimentam a região, e mais 62 hidrelétricas estão em construção ou em estudos, quase todas pequenas centrais que produzem pouquíssima energia, mas alteram o regime anual de cheias e secas que é responsável pela biodiversidade do Pantanal, porque atuam da mesma forma que coágulos na circulação sanguínea de uma pessoa, afirma Paulo Petry, pesquisador de uma entidade internacional de proteção ao meio ambiente.
No município de Barão do Melgaço, por exemplo, que já foi um dos maiores produtores de peixe de água doce do Pantanal, os pescadores tiravam do Rio Cuiabá os pintados e pacus que eram vendidos em vários Estados brasileiros, o que já acontece mais. E os pescadores são unânimes: a construção de uma barragem rio acima provocou uma queda drástica na quantidade de peixes, que não mais conseguem chegar aonde chegavam antes. Além disso, a água não tem mais as mesmas características quando eles sobem os rios, o que dificulta o processo de reprodução.


